機構の歴史を語る上で重要な文書、たとえば研究開発の記録や主だった会議の議事録などを保存しています。筑波研究学園都市北部に「高エネルギー物理学研究所」が設立されて以来の文書、そして旧田無市にあった「東京大学原子核研究所」の文書資料を含んでいます。
機構の各組織において作成された刊行物、例えば、年史・沿革等の歴史書、規程集、広報誌(紙)等の刊行物、研究活動に関する報告書などを収集、保存しています。また、KEKの研究活動と関係が深い刊行物も収集、保存しています。
現在所蔵している刊行物等の一部
「高エネルギー物理学研究所」建設時からの建屋やその周辺、研究施設内の研究機器などの写真、フィルム、映像、建築物などの図面等を収集、保存しています。
歴代の所長・機構長や退職した職員の書類、メモ類、写真等、機構内外の個人・団体より提供を受けて保存しています。